Это явление было открыто в 1946г исследователями Стендфорда и Гарварда, которые независимо друг от друга проводили исследования в этой области. За это ученые Э. Парселл и Ф. Блох в 1952 году были удостоены Нобелевской премии по физике «за развитие новых методов для точных ядерных магнитных измерений и связанные с этим открытия».
ЯМР — это возможность поглощать или испускать энергию радиочастотных импульсов ядрами некоторых веществ (водород чаще всего), находящихся в магнитном поле при совпадении частоты импульсов с частотой вращения ядер.
В 1973 г. Пол Лаутербур получил первое изображение МРТ. Это было изображение двух трубочек, наполненных жидкостью. В 2003 г. Пол Лаутербур и Питер Мэнсфилд получили нобелевскую премию за создание метода МРТ. Питер Мэнсфилд показал, как радиосигнал, полученный от МР-спектрометра, может быть преобразован в изображение.

Продолжительное время существовал термин ЯМР-томография, который был заменен на МРТ в 1986 году в связи с развитием радиофобии (боязни радиации) у людей после Чернобыльской аварии. В новом термине исчезло непосредственно слово «ядерность», что и позволило ему достаточно безболезненно войти в повседневную медицинскую практику, однако и первоначальное название также имеет место в наше время. Самые первые томографы для исследования тела человека появились в клиниках в 1980-1981 годах, а сегодня томография стала целой областью медицины.